Untuk   mewujudkan institusi yang sehat dan mampu berkontribusi dalam meningkatkan daya saing bangsa perlu dikembangkan tatakelola sesuai prinsip good university governance, yaitu fairness, transparancy, accountability, dan responsibility. Sistem tatakelola di UMM dikembangkan untuk menciptakan suasana kerja yang kondusif dan berkinerja tinggi. Kinerja semua unit akan diupayakan dapat diakses oleh publik, yang tidak semata-mata untuk pengambilan keputusan secara cepat tetapi mampu membangun rasa tanggungjawab dan keadilan.
                Struktur organisasi UMM mengalami perkembangan sesuai dengan kebutuhan dan peraturan perundangan yang berlaku. Landasan yuridis dari struktur atau susunan organisasi UMM dituangkan dalam Statuta Universitas Muhammadiyah Malang. Statuta UMM disusun berdasarkan Qa’idah Perguruan Tinggi Muhammadiyah yang ditetapkan oleh Pimpinan Pusat (PP) Muhammadiyah dengan SK No.: 19/SK¬PP/IIIB/1.a/1999 tanggal 20 Februari 1999 (Lampiran B.1). Sejak berdiri pada tahun 1964, statuta UMM telah mengalami empat kali pergantian yaitu pada tahun 1979, 1994, 2001 dan 2007. Struktur organisasi UMM sebagaimana secara garis besar adalah sebagai berikut :
 
1.       Badan Penyelenggara
2.       Badan Pelaksana Harian
3.       Senat Universitas
4.       Unsur Pimpinan : Rektor dan Pembantu Rektor
5.       Pelaksana Akademik (Fakultas)
6.       Unsur Pelaksana Akademik (Jurusan/Program Studi, laboratorium, Lemlit, LPM
7.       Unsur Pelaksana Administratif :
·         Biro Administrasi Akademik (BAA)
·         Biro Administrasi Umum (BAU)
·         Biro Keuangan
·         Biro Kemahasiswaan
·         Biro Kerjasama Luar Negeri (BKLN)
8.       Unsur Pengendali Mutu :
·         Badan Kendali Mutu Akademik (BKMA)
·         Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BPSDM)
·         Badan Perencanaan Pembangunan dan Pemeliharaan Kampus (BP3K)
·         Badan Pengendali Internal (BPI)
 
9.       Unsur Penunjang (Badan, Lembaga, UPT, Pusat Studi, Pusat Kajian dan Unit Bisnis).
 
Unsur penunjang adalah perangkat pelengkap di bidang pendidikan, penelitian pengabdian masyarakat dan perencanaan yang ada di luar fakultas, jurusan dan laboratorium. Tugas unsur penunjang antara lain memberikan pelayanan untuk menunjang penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan perencanaan yang ada di luar fakultas, jurusan dan laboratorium. Masing¬masing unsur penunjang terdiri atas pimpinan, tenaga ahli dan tenaga administrasi. Pimpinan unsur penunjang akademik diangkat oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor.
                               
Unsur penunjang yang ada di UMM dibuat berdasarkan kebutuhan universitas dalam rangka menunjang penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang berada di luar fakultas, jurusan dan laboratorium. Adapun unsur penunjang yang ada sekarang meliputi:
 
1.  Lembaga :
·         Lembaga Pengembangan Bahasa ( LC)
·         Lembaga Informasi dan Komunikasi (Lembaga Infokom)
·         Lembaga Kebudayaan (LK)
·         Lembaga Pengkajian dan Pemberdayaan Perempuan dan Anak (LP3A)
2. UPT
3. Pusat Studi
4. Unit Usaha
5. Unit lain
 
Badan Pemakmuran Masjid; Badan Konsultasi dan Bantuan Hukum; Lembaga (Lembaga Kebudayaan, Lembaga Bahasa, Lembaga Informasi dan Komunikasi); Unit Pelaksana Teknis (UPT Penerimaan Mahasiswa Baru, UPT Perpustakaan, UPT Kesehatan, UPT Bimbingan Konseling, dan UPT Penerbitan); Pusat   Studi dan   Kajian   (Pusat   Studi   Kependudukan, Pusat   Studi Kewilayahan, Pusat Studi Wanita dan Kemasyarakatan, Pusat Studi Lingkungan, Pusat Bioteknologi; Pusat Studi Hortikultura; dan Pusat Kajian Energi Baru Terbarukan); serta Unit Bisnis atau profit center yang terdiri dari: UMM Dome, Hotel University Inn, Bookstore, Perbengkelan, Medical Center, SPBU dan Unit Perdagangan (Koperasi Karyawan, kantin, dan lain¬ lain.).
 
Shared: